在网络世界中，主人公以操作人型战斗工具『simulation program』过着作为黑客的生活。
但是作为黑客小组最后的任务，因为选择了收集军队（FLAK）的数据作为目标，主人公的人生开始发生了很大变动。
网络空间中，由于陷入了军队（FLAK）和恐怖组织（飞刀：throwing fly ）争斗中、为了掩护主人公，好友意外死亡……主人公对着好友的遗物发誓报仇。
他此后与军队（FLAK）、网络警备公司（V S S）、恐怖组织（飞刀）的形形色色的人物邂逅、并肩战斗，亦或是成为敌对。
但是，被认为各自独立毫无关系的人们，在故事的插曲中，似乎与过去曾经发生过的某些事件有着联系……
在主人公一无所知之时，这种联系为中心的冲突深入交织在一起，最终在事件的全貌变得明朗之时，主人公为了拯救所爱之人和物，赌上自己的存在而进行战斗……
