◆影华篇
解决蝙蝠事件后，迅度过学生时期。
在对忍者的身份和今后的事情遐想的过程中，学园都市发生了新的事件。
迅开始着手调查，但事件发展到足以动摇迅所属组织的程度。
与描写正编的真相路线之后的“Secret Agent”的集大成的故事。
◆卡农篇AFTER STORY
对花音的忍者讲解在成为恋人之后也持续着。
在这样的情况下，要在学园都市举行祭典，花侬竟然接到了PV演出的委托……。
神乐编AFTER STORY
在剑斗祭上延续了前一年的优胜，神乐全票通过被推举为团长。
神乐成为团长，每天过着忙碌的生活。
在新学期开始后，两人的关系也一直维持着。
有一天，神乐的老家传来父亲病倒的消息……。
舞篇AFTER STORY
在剑斗祭上获胜后，作为毕业前的最后一项工作，他帮助骑士团进行了改革。
想要分裂的骑士团统一了，从现在开始骑士团应该解散的学园方面的通知到达了。
◆结衣篇AFTER STORY
结衣通过事件修复了和莉塞的关系，和莉塞一起投入研究并得出了结果。
为了那个研究发表，结衣取濑去了海外。
但是，瞄准这项研究的影子正在逼近。
◆里塞·伊伊哈林编著HAREM STORY
我和鲁迅交往了很长时间。
理濑羡慕地看着她的样子。
有一天，被里塞叫去研究室的迅，在那里看到了令人吃惊的光景。
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