因为城市开发而迅速发展的御代街。
这里传说是一个被土地神和精灵守护的城市，
但现在相信的人几乎已经不存在了。
尽管如此10年一次的土地神祭的城市游行仍是这里的一大活动。
在御鹰ヶ丘学园上学的主人公瀬川彰人，
因为继承着古代的血脉而担任祭祀的神官。
并且青梅竹马捺菜被选上以保护土地神名义而挑选出来的巫女，
彰人预感到这是一个特别的节日。
突然在准备祭祀的城市上，
发生了像小孩子的恶作剧般的不可思议的事件。
不久那个不可思议的传言开始流传——
「看见了奇怪的生物」
当然完全不相信传言的彰人在某天看见了奇怪生物的身影。
「果然看见了」
捺菜解释这是因为城市开发而失去住所而闯进来的精灵。
捺菜带着迷惑的彰人和精灵来到森林的深处，
普通人踏入结界将出不来的禁地。
在那里彰人遇见了很久以前就住在这里的美丽土地神——凉。
和她接触后，彰人决心保护城市内出现的精灵们，带它们回到森林。
超越了人与神存在的时代的【羁绊物语】始动。
